Wicked: Parte II acompanha o capítulo final da história não contada das Bruxas de Oz. Agora, Elphaba e Glinda estão separadas e devem enfrentar as consequências das ações e decisões que tomaram. Enquanto Elphaba segue demonizada como a Bruxa Má do Oeste, exilando-se na floresta de Oz, Glinda vive as glórias de ter se tornado o símbolo da Bondade no reino, morando no palácio da Cidade das Esmeraldas e desfrutando da fama e do glamour de ser amada por toda a população. Quando Glinda tenta intermediar uma reconciliação entre Elphaba e O Mágico, as coisas parecem piorar, afastando ainda mais as duas amigas. A visita de uma garota do Kansas vira tudo de cabeça para baixo, enquanto uma multidão se coloca contra a Bruxa Má, o que obrigará a dupla a se unir novamente.
